L'agricoltura biologica è regolamentata da una normativa europea e nazionale completa, che garantisce i produttori ed i consumatori, cioè il Reg CEE 2092/91 e succ. mod. Tale normativa fissa le regole della produzione biologica e dispone di controlli accurati di tutte le aziende che applicano il metodo biologico.
L'agricoltura biologica è dunque un settore sottoposto a "regime di controllo" europeo. Le aziende che intendono quindi applicare le metodologie produttive biologiche e marchiare i prodotti così ottenuti (cioè renderli riconoscibili ai consumatori) devono rispettare le norme di produzione riportate negli allegati del Reg. CEE 2092/91 e, nel contempo, sottoporsi a controllo da parte di organismi competenti pubblicamente riconosciuti.
L'agricoltore che applica correttamente le tecniche dell'agricoltura biologica e che è regolarmente sottoposto ai controlli può certificare le produzioni ottenute con metodo biologico. La certificazione è un'attestazione formale che indica la provenienza "biologica" delle produzioni e può avvenire con un vero e proprio certificato di produzione o con l'etichettatura delle confezioni, utilizzando apposite diciture autorizzate regolarmente dalla legge. Sia il certificato di produzione che l'autorizzazione alla stampa delle etichette sono rilasciate dall'organismo di controllo su richieste del produttore.
Le produzioni agricole possono essere certificate dopo 12 mesi di applicazione del metodo biologico, come provenienti da "agricoltura biologica in conversione". Dopo 3 anni (per le colture arboree, es. ulivo) e dopo 2 anni (per quelle erbacee) di applicazione delle tecniche possono essere certificate come provenienti da "agricoltura biologica".
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